Mareš, J.: Aplikace biomanipulací s využitím "topdown" efektu s cílem omezit negativní dopady zemědělství na eutrofizaci vodárenských nádrží. (NAZV 2016-2018) (hlavní řešitel Ing. Karel Halačka CSc.)
Mareš, J.: Zvýšení a zefektivnění produkce lososovitých ryb v ČR s využitím jejich genetické identifikace. (NAZV 2015-2018)
Brumovská, V.: Vliv přídavku zeolitu do krmných směsí pro pstruha duhového na jeho organismus.. (IGA 2018)
Musilová, B.: Rozklad rybničního sedimentu pomocí bio-enzymatického přípravku. (IGA 2017)
Malý, O.: Snížení zatížení chovu kapra fosforem při použití krmných směsí s přídavkem fytázy. (IGA 2017)
Malý, O.: Snížení zatížení chovu ryb fosforem využitím odrůd obilovin se sníženým obsahem kyseliny fytové. (IGA 2016)
Mareš, L.: Eliminace vodních bezobratlých v rybochovných zařízeních. (IGA 2016)
Kopp, R.: Nabídka poskytnutí znalostí – zajištění, realizace a vyhodnocení testů vybraných preparátů. (JIC VOUCHER 2015-2016) (Zadavatel: M + H, Míča a Harašta s.r.o)
Řezníčková, P.: Vysychání toků v období klimatické změny: predikce rizika a biologická indikace epizod vyschnutí jako nové metody pro management vodního hospodářství a údržby krajiny. (TAČR 2012-2016)
Mareš, J.: Technologie chovu sladkovodních ryb s využitím recirkulačních systémů dánského typu se zaměřením na metody efektivního řízení prostředí a veterinární péče. (NAZV 2012-2016)
Poštulková, E.: Toxický účinek algicidních přípravků na organizmy vodního prostředí. (IGA 2014)
Kopp, R.: Vybranné antropogenně ovlivněné ekosystémy a jejich krajinný a funkční potenciál. (IGA 2014) (hlavní řešitel Ing. Vladimír Hula, Ph.D.)
Mareš, J.: Optimalizace podmínek intenzivního chovu lososovitých ryb v podmínkách České republiky s využitím dánské technologie se zaměřením na kvalitu produkovaných ryb. (NAZV 2009-2013)
Chalupa, P.: Zhodnocení udržitelnosti rybářského managementu horního úseku toku Moravice.(IGA 2013)
Kopp, R.: Diverzita, dynamika a ochrana antrogenně podmíněných habitatů – možnosti zpomalení ústupu biodiverzity při zachování produkčních i mimoprodukčních funkcí krajiny.(IGA 2013) (hlavní řešitel Ing. Vladimír Hula, Ph.D.)
Kopp, R.: Antropogenně podmíněné habitaty - možnosti zpomalení ústupu biodiverzity při zachování produkčních i mimoprodukčních funkcí krajiny. (IGA 2012) (hlavní řešitel Ing. Vladimír Hula, Ph.D.)
Grmela, J.: Sledování potenciálnich zdrojů znečištění na řece Svratce a jejích přítocích mezi VD Brno a VD Vír I. (IGA 2012)
Rybnikár, J.: Vývoj plynového měchýře a jeho vliv na trávicí trakt jesetera malého (Acipenser ruthenus).(IGA 2012)
Spurný, P.: Biologické a technologické aspekty udržitelnosti řízených ekosystémů a jejich adaptace na změnu klimatu. (Výzkumný záměr 2007-2012) Koordinátor: Prof. Ing. Zdeněk Žalud, CSc.
Kopp, R.: Minimalizace rizik výskytu metabolitů sinic v technologických procesech rybářského sektoru.(NAZV 2007-2011)
Mareš, J.: Vývoj nových metod chovu vybraných perspektivních akvakulturních druhů s využitím netradičních technologií (NAZV 2007-2011) Koordinátor: Ing. Pavel Kozák, Ph.D., JU VURH Vodňany.
Grmela, J.: Vliv hlavních přítoků na chemismus řeky Svratky v úseku mezi Tišnovem a údolní nádrží Vír. (IGA 2011)
Kopp, R.: Možnosti zpomalení ústupu biodiverzity při zachování produkčních i mimoprodukčních funkcí krajiny. (IGA 2011) (hlavní řešitel Ing. Vladimír Hula, Ph.D.)
Lang, Š.: Vliv různých fyzikálně-chemických podmínek prostředí na koncentraci elektrolytů v krevní plazmě pstruha duhového (Oncorhynchus mykiss) (IGA 2010)
Kopp, R.: Vytvoření nového předmětu Základy Hydrochemie (FRVŠ 2010)
Cíleček, M.: Změny fyzikálně - chemických parametrů vody v intenzivním chovu ryb (IGA 2009)
Makovský, J.: Stanovení a vyhodnocení organické zátěže toku řeky Jihlavy pomocí indexu saprobity a trofického potencionálu, sledování vlivu vodních děl Dalšice a Mohelno na zatížení řeky Jihlavy organickými látkami (IGA 2008)
Cíleček, M.: Vliv tvrdosti vody na růst a vývoj raných stádií ryb (IGA 2008)
Hlávková, J.: Vliv cyanotoxinů na kvalitu masa u různých druhů ryb (IGA 2008)
Mareš, J.: Rozvoj produkce ryb s využitím technických akvakultur a jejich kombinace s rybničními chovy (NAZV 2004-2007) řešitel Dr. Ing. Jan Kouřil, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích Výzkumný ústav rybářský a hydrobiologický ve Vodňanech.
Spurný, P.: Vývoj nových technologií odchovu hospodářsky významných říčních druhů ryb a raků ohrožených degradací přírodního prostředí. (NAZV 2003-2007) řešitel Ing. Pavel Kozák, Ph.D., Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích Výzkumný ústav rybářský a hydrobiologický ve Vodňanech.
Heimlich, R.: Inovace laboratorního vybavení pro výuku předmětu Ekologie vodního prostředí (FRVŠ 2007)
Ziková, A.: Zkvalitnění praktické výuky předmětů akreditovaného oboru Rybářství a hydrobiologie (FRVŠ 2007)
Kopp, R.: Změny spotřeby kyslíku u ryb v intenzivním chovu (IGA 2007)
Kukačka, V.: Vliv intenzity chovu na nutriční hodnotu kapra obecného se zaměřením na spektrum mastných kyselin (IGA 2007)
Heimlich, R.: Dynamika rozvoje zoobentosu lednických rybníků (IGA 2007)
Makovský, J.: Monitoring obsahu těžkých kovů v ekosystému středního toku řeky Jihlavy (IGA 2007)
Ziková, A.: Vliv rybí obsádky na rozvoj fytoplanktonu (IGA 2007)
Straková, L.: Srovnání dynamiky fytoplanktonních společenstev a chemismu vody přehradních nádrží Brněnské a Plumlovské (IGA 2007)
Šťastný, J.: Sledování dynamiky rozvoje vodních bezobratlých dolního toku Dyje (IGA 2007)
Baránek, V.: Nutriční aspekty odchovu násad candáta obecného v intenzivních podmínkách.(IGA 2006)
Baránek, V.: Modernizace výuky předmětů Výživa a krmení ryb a Akvakultura (FRVŠ 2006)
Spurný, P.: Multimediální prezentace výuky ichtyologie (FRVŠ 2006)
Kopp, R.: Nové trendy chemických analýz vzorků vody v terénu i laboratoři. (FRVŠ 2006)
Spurný, P.: Speciace rtuti ve vodních ekosystémech a její vstup do potravních řetězců (GAČR 2003-2005) řešitel Prof. RNDr. Vlastimil Kubáň, DrSc., Ústav chemie a biochemie MZLU
Kopp, R.: Možnosti využití tolstolobika bílého (Hypophthalmichthys molitrix) k přirozené regulaci výskytu vodních květů sinic.(GAČR 2002-2005)
Vítek, T.: Zatížení vodního ekosystému řeky Loučky těžkými kovy (FRVŠ 2005)
Baránek, V.: Produkce násad candáta obecného při využití metody kombinovaného chovu (IGA 2005)
Kopp, R.: Ovlivňují sinice vodního květu kvalitu rybího masa? (IGA 2005)
Jirásek, J.: Inovace a vypracování norem potřeby živin pro hospodářská zvířata a ryby (NAZV 2000-2004), řešitel Prof. Ing. Ladislav Zeman, CSc., Ústav výživy a krmení hospodářských zvířat MZLU v Brně.
Mareš, J.: Modernizace praktické výuky oboru Rybářství a hydrobiologie (FRVŠ 2004)
Kopp, R.: Rozšíření praktické výuky na Ústavu rybářství a hydrobiologie. (FRVŠ 2004)
Vetešník, L.: Zvýšení metodologické úrovně a teoretického vzdělání studentù akreditovaného DSP 4103V Zootechnika – perspektivního studijního oboru obecná zootechnika, participace na grantu (GAČR 2003-2004)
Wognarová, S.: Vliv aplikované diety na vývoj zažívacího traktu larev sumce velkého. (FRVŠ 2003)
Vetešník, L.: Migrační aktivita karasa stříbřitého v aluviálních vodách dolního toku Dyje. (FRVŠ 2003)
Kopp, R.: Využití moderních metod ke stanovení pH, kyslíku a amoniaku.(FRVŠ 2003)
Kopp, R.: Využití multimediálního počítače k prezentaci vodních rostlin, sinic a řas (FRVŠ 2001)
Mareš, J.: Technologie produkce tržního okouna (1999 –2001), řešitel JU VÚRH Vodňany.
Spurný, P.: Fische als Bioindikatoren für Schwermetallebelastungen der Thaya. [ Ryby jako bioindikátory zatížení řeky Dyje těžkými kovy ]. Mezinárodní grant s univerzitou ve Vídni, 1992 – 1995.
Jirásek, J.: Biologické a ekologické aspekty intenzivního odchovu plůdku jeseterů v podmínkách ČR. (GAČR 1994–1996).
Heteša, J.: Biodiverzita. Světová banka, 1994–1997.
Jirásek, J.: Biologické a technologické aspekty chovu sumce velkého (Silurus glanis) v podmínkách ČR. (NAZV 1995–1997).
Heteša, J.: Samočisticí schopnost šumavských toků (NAZV1996 – 1997), řešitel VÚ meliorací a ochrany půd Praha.
Sukop, I.: Biomonitoring bezobratlých ve vodních ekosystémech biosférické rezervace Pálava. (GAČR 1997–1999).